ウイルス
自分もお世話になってるFFFTP。
http://www2.biglobe.ne.jp/~sota/
>Gumblarウイルスにより、FTP接続時のパスワードが抜き取られ、サイトが改竄される事例が多発しているようです。
で、アンインストール推奨だったんですが。
にょろぷにらん・FFFTPパスワード漏れ対処版作ってみたにすることで、とりあえずは回避できそう。
http://www.so-net.ne.jp/security/news/newstopics_201001.html
もちろん、この辺の対策も怠らないように。